事業承継補助金（事業承継・M&A補助金）とは？4つの枠と申請の流れ

この記事は2026年10月時点の情報です。事業承継補助金として知られていた「事業承継・引継ぎ補助金」は、令和6年度から「事業承継・M&A補助金」に名称が変わりました。現在は「事業承継促進枠」「専門家活用枠」「PMI推進枠」「廃業・再チャレンジ枠」の4枠で実施されており、16次公募の申請を2026年10月2日から11月6日17時まで受け付けています。

この記事では、事業承継・M&A補助金の目的と4つの枠の内容、補助率・補助上限額、申請の流れ、申請時の注意点を解説します。

事業承継補助金（事業承継・M&A補助金）とは

事業承継・M&A補助金は、中小企業・小規模事業者等が、事業承継やM&Aに際して行う設備投資等や、事業承継・事業再編・事業統合に伴う経営資源の引継ぎ、引継ぎ後の経営統合にかかる経費の一部を補助する制度です。中小企業庁の「中小企業生産性革命推進事業」の一つとして実施されています。

後継者への引継ぎを機に新たな取組を始める場合、M&Aで会社や事業を譲り受ける・譲り渡す場合、M&A後の統合作業を進める場合、M&Aに至らず事業を廃業して再チャレンジする場合など、場面に応じて枠が分かれています。

旧制度からの主な変化

2023年に公募された7次公募（事業承継・引継ぎ補助金）までは、「経営革新事業」「専門家活用事業」「廃業・再チャレンジ事業」の3事業で構成されていました（過去の実績）。現在は4枠に再編され、M&A後の統合作業を支援するPMI推進枠が設けられています。また、11次公募以降は「公募申請→採択」と「交付申請→交付決定」の2段階で手続きを行う方式になっています。

4つの申請枠と補助率・上限額（16次公募）

以下は16次公募のパンフレットに基づく内容です。詳細な要件は枠ごとの公募要領で確認してください。

事業承継促進枠

親族内承継や従業員承継等の事業承継を契機として、経営や事業を引き継ぐ予定の中小企業者・個人事業主が、引き継ぐ経営資源を活用して行う設備投資等を支援する枠です。公募申請期日から5年以内に事業承継を行う予定であることなどが条件で、事業承継の蓋然性について認定経営革新等支援機関等の確認を受ける必要があります。

項目	内容
補助率	1/2以内（小規模事業者は、補助額800万円までの部分が2/3以内）
補助上限額	800万円（一定額以上の賃上げを実施する場合は1,000万円）
補助下限額	100万円
廃業費の上乗せ	＋300万円（廃業・再チャレンジ枠との併用時）

事業承継に際して被承継者に支払う譲り受け費用（土地や資産の購入費用等）は、原則として補助対象外です。

専門家活用枠

M&Aによる経営資源の引継ぎに際して、仲介業者やファイナンシャルアドバイザー（FA）などの専門家に支払う費用等を支援する枠です。譲り受ける側の「買い手支援類型（Ⅰ型）」と、譲り渡す側の「売り手支援類型（Ⅱ型）」があり、特例・新類型も設けられています。

類型	補助率	補助上限額	上乗せ
買い手支援類型（Ⅰ型）	2/3以内	600万円	デュー・ディリジェンス費用＋200万円、廃業費＋300万円
売り手支援類型（Ⅱ型）	1/2以内（営業利益率の低下や赤字など一定の条件で2/3以内）	600万円	廃業費＋300万円
買い手支援類型（Ⅰ型）100億企業特例	補助額1,000万円以下の部分は1/2以内、1,000万円超2,000万円までの部分は1/3以内	2,000万円	廃業費（補助率1/2以内）
売り手支援類型（Ⅱ型）小規模売り手支援類型	2/3以内	450万円	廃業費＋150万円

補助事業期間内にM&Aが成約しなかった場合は、補助上限額が300万円となり、廃業費は補助対象外になります（小規模売り手支援類型は別の取扱い）。
買い手支援類型では、補助対象経費に計上するかどうかに関わらず、デュー・ディリジェンス（DD）の実施が必要です。
100億企業特例は、「100億宣言」がポータルサイトで公表されていること、被承継者の従業員の雇用を3年間維持すること、最低譲渡価額が5億円以上であることなどが要件です。
小規模売り手支援類型は15次公募から追加された類型で、従業員数が一定以下（製造業その他・宿泊業・娯楽業は20人以下、商業・サービス業は5人以下）の小規模事業者等が対象です。

主な補助対象経費は、旅費、謝金、外注費、委託費（仲介・FA費用、デュー・ディリジェンス費用など）、システム利用料、保険料、廃業費です。

PMI推進枠

M&Aを行った、または行う予定の中小企業者等が、M&A成立後の経営統合作業（PMI）に活用する専門家の費用や、統合に伴う設備投資費用等を支援する枠です。対象となるのは、M&Aのクロージング後3年以内に行うPMI・事業統合投資です。

類型	補助率	補助上限額
PMI専門家活用類型	1/2以内	150万円
事業統合投資類型	1/2以内（小規模事業者は補助額800万円までの部分が2/3以内）	800万円（一定額以上の賃上げで1,000万円）

2つの類型には前後関係があり、同じ公募回で両方を申請することはできません。親族間の事業承継やグループ内の事業再編は、PMI推進枠の対象となるM&Aに該当しません。

廃業・再チャレンジ枠

M&Aで事業を譲り渡せなかった中小企業者等の株主や個人事業主が、新たなチャレンジをするために既存事業を廃業する際の経費を支援する枠です。この枠だけで申請する「再チャレンジ申請（単独申請）」と、他の枠と併せて申請する「併用申請」があります。

申請の種類	補助率	補助上限額
再チャレンジ申請（単独申請）	2/3以内	300万円
併用申請	1/2または2/3以内（併用する枠の補助率に従う）	300万円

単独申請の場合は、2020年以降、公募申請期日までの間に売り手としてM&Aに着手し、3か月以上取り組んでいること（事業承継・引継ぎ支援センターへの相談、M&A支援機関との契約、M&Aマッチングサイトへの登録など）が条件です。対象経費は、廃業支援費、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースの解約費、土壌汚染調査費、移転・移設費です。

申請の流れと16次公募のスケジュール

申請の手順

公募要領とウェブサイトを確認し、補助事業への理解を深める
GビズIDプライムのアカウントを取得する（未取得の場合）
公募申請に必要な書類を取り寄せ、準備する
加点事由に該当することを証する書類を準備する（任意）
電子申請システム「Jグランツ」の申請フォームに入力し、書類を添付する
提出処理を行い、提出完了画面を確認する
事務局から差戻し・再提出の依頼があれば速やかに対応する

申請はJグランツによる電子申請で行います。GビズIDプライムの取得には時間がかかる場合があるため、早めに手続きを進めてください。

16次公募のスケジュール（予定）

手続き	時期
公募申請受付期間	2026年10月2日（金）〜11月6日（金）17:00
採択日	2026年12月下旬以降、順次
交付申請受付期間	2027年1月上旬〜2027年11月中旬
交付決定日	2027年1月下旬以降、順次
事業実施期間	交付決定日〜2028年3月中旬
実績報告期間	2027年6月上旬〜2028年3月下旬
補助金交付手続き	2027年10月上旬以降、順次

事務局は、16次公募説明会のアーカイブ動画を2026年11月6日17時まで配信しています。

直近の採択状況

公募回	申請件数	採択件数
13次公募	481件	293件
14次公募	512件	311件
15次公募	551件	338件

15次公募の内訳は、事業承継促進枠が申請190件・採択115件、専門家活用枠が申請312件・採択194件、PMI推進枠が申請47件・採択28件、廃業・再チャレンジ枠が申請2件・採択1件でした。申請すれば必ず採択されるわけではないため、補助事業計画の内容を十分に検討することが重要です。

活用のポイントと注意点

交付決定前の契約・発注は対象外

補助対象経費は、交付決定日以降に契約・発注し、補助事業期間内に検収・支払まで完了したものに限られます。11次公募以降は、仲介・FA費用も同様に補助事業期間内に契約したものが対象です。交付決定前に専門家と契約を結ぶと補助を受けられないため、契約のタイミングに注意してください。

枠ごとに要件と経費の範囲が違う

同じ事業承継・M&Aでも、承継の形態（親族内・従業員承継か、M&Aか）、立場（買い手か売り手か）、時期（M&A成立前か後か）によって申請する枠が変わります。同一の経営資源の引継ぎについて、買い手支援類型と売り手支援類型からそれぞれ1申請を行うことは可能です。自社の状況に合う枠を、公募要領で確認したうえで選ぶことが大切です。

不正受給への注意

事務局は、虚偽の申請による不正受給や補助金の目的外利用などが判明した場合、交付決定の取消しに加え、交付済みの補助金は加算金を課したうえで返還を求めるとしています。補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律に基づく罰則の対象となる可能性もあります。

よくある質問

事業承継・引継ぎ補助金と事業承継・M&A補助金は同じ制度ですか

中小企業基盤整備機構の案内では、事業承継・引継ぎ補助金は令和6年度から事業承継・M&A補助金に名称が変わったとされています。枠の構成や要件は旧制度から変わっているため、申請する公募回の公募要領を確認してください。

補助上限額はいくらですか

16次公募では、事業承継促進枠が800万円（賃上げ実施で1,000万円）、専門家活用枠が600万円（100億企業特例は2,000万円、小規模売り手支援類型は450万円）、PMI推進枠が150万円または800万円（賃上げ実施で1,000万円）、廃業・再チャレンジ枠が300万円です。

個人事業主も申請できますか

事業承継促進枠、専門家活用枠、PMI推進枠は、中小企業者に加えて個人事業主も対象とされています。廃業・再チャレンジ枠は、中小企業者等の株主や個人事業主が対象です。

まとめ

事業承継補助金は、現在「事業承継・M&A補助金」として実施されており、事業承継促進枠、専門家活用枠、PMI推進枠、廃業・再チャレンジ枠の4枠で、事業承継やM&Aに伴う設備投資、専門家費用、統合作業、廃業費用を支援しています。16次公募の申請受付は2026年11月6日17時までです。

交付決定前の契約が対象外になることや、枠ごとに要件が異なることに注意し、認定経営革新等支援機関やM&A支援機関と相談しながら準備を進めてください。

事業承継補助金に関する用語

用語	説明
事業承継	経営者が会社や事業の経営を後継者に引き継ぐこと。親族内承継、従業員承継、M&Aによる第三者承継があります
PMI	Post Merger Integrationの略。M&A成立後に行う経営・業務・組織などの統合作業
デュー・ディリジェンス（DD）	M&Aの対象企業のリスク等を精査する調査。財務調査や法務調査などで構成されます
認定経営革新等支援機関	中小企業に対して専門性の高い支援を行う機関として国が認定した機関。事業承継促進枠では、事業承継の蓋然性について確認を受ける必要があります
100億宣言	売上高100億円を目指す中小企業が、目標と実現に向けた取組を宣言するもの。専門家活用枠の100億企業特例の要件です
GビズIDプライム	法人代表者や個人事業主向けの共通認証システムのアカウント。Jグランツでの電子申請に必要です

参考資料

著者のプロフィール

福元惇二: タンソーマンプロジェクト発起人であり、タンソチェック開発を行うmedidas株式会社の代表。タンソーマンメディアでは、総編集長を務め、記事も執筆を行う。